KIMMDY: unser biomolecular reaction emulator - Jetzt auf bioRxiv!

Wir präsentieren stolz die neue und verbesserte Version unseres Emulators für biomolekulare Reaktionen - KIMMDY (Kinetic Monte Carlo / Molecular Dynamics), jetzt auf bioRxiv verfügbar! Möchtest du biomolekulare, reaktive Systeme bis hin zur Sekundenskala emulieren? Mit KIMMDY ist das möglich.

Molekulare Simulationen sind in der biologischen Forschung unverzichtbar geworden. Ihre Genauigkeit nimmt stetig zu – doch die direkte Modellierung biochemischer Reaktionen, die im Zentrum aller Lebensprozesse stehen, bleibt eine rechnerische Herausforderung.

Hier stellen wir einen biomolekularen Reaktions-Emulator vor, der Reaktionen über konformationelle Ensembles hinweg mithilfe von Kinetic Monte Carlo modelliert. KIMMDY ist in der Lage, dynamische, großskalige Systeme mit aufeinanderfolgenden, konkurrierenden Reaktionen zu handhaben – selbst auf der Sekundenskala oder langsamer. Dabei nutzt es Graph Neural Networks zur Vorhersage von Reaktionsraten im großen Maßstab, kann aber ebenso einfachere, physikbasierte oder heuristische Modelle einsetzen.

Erfahre mehr über KIMMDY auf bioRxiv  oder probiere es  hier aus!